工程中心根据其主要任务和工作目标，设置工程中心建设和运行管理委员会、工程研究中心技术委员会及相应的职能和技术部门。自然资源信息管理与数字孪生工程软件工程研究中心的机构设置如下图所示。

（1）工程研究中心管理委员会

根据《教育部工程研究中心建设与运行管理办法》，工程中心建设和运行管理委员会由中国地质大学（武汉）主管科研的副校长任委员会主任，中国地质大学（武汉）科学技术发展研究院常务副院长任委员会副主任，学校人事、学科、财务、资产等部门和工程中心主要负责人参加，负责落实条件保障、日常监督管理和年度考核工作，研究解决工程中心发展中的重大问题，保障工程中心基本运行经费每年不低于100万元。

（2）工程中心主任

根据《教育部工程研究中心建设与运行管理办法》，工程中心实行高等学校领导下的主任负责制，工程中心主任负责工程中心的全面工作，并设副主任4~5名和专职秘书1名。

（3）工程中心技术委员会

由依托单位中国地质大学（武汉）聘任国内外自然资源信息技术领域的知名专家组成工程研究中心技术委员会，委员会成员13~15人，其中来自依托高等学校的成员不超过总数的三分之一，中青年委员不少于总数的三分之一，并设主任委员1人，副主任委员2~3人，主任和副主任委员由相关领域院士或著名专家担任。

（4）职能部门

工程中心设置综合管理部、工程技术研发部、成果转化推广部、财务部、开放服务部。综合管理部负责工程研究中心的日常工作管理；开放服务部负责工程研究中心对外的技术咨询、信息交流、技术培训、产品展览等开放服务工作；财务部负责日常的项目管理和经费管理。工程技术研发部在依托单位技术研究所和实验室的基础上组建，下设4个研究室：自然资源信息感知与数据集成研究室、自然资源信息管理与数据处理研究室、自然资源信息系统软件工程研究室、自然资源数字孪生工程软件研究室。成果转化推广部为工程研究中心的职能管理部门，具体的技术成果转化和推广工作由中部知光技术转移有限公司等协作单位完成。